Edifiés entre 1890 et 1896, trois des quatre « quadrilatères » du campus ont été signés par Abraham Hirsch, architecte en chef de la ville de Lyon au cours de la fin du XIXe siècle. Par la qualité des espaces mis en œuvre, du fait de l'importance de la lumière et de la ventilation naturelle, les bâtiments semblent s'inscrire dans le courant de pensée hygiéniste développé au XIXe siècle.

Bien que le site ne soit pas protégé au titre des Monuments historiques, il reste inscrit à la loi de 1930 qui vise à conserver les caractéristiques du lieu en l’état et le préserve de toute atteinte grave. Les façades d’origine des bâtiments sont ainsi conservées tandis que les espaces intérieurs sont réhabilités pour répondre aux usages actuels des lieux. Afin d’augmenter la capacité d’accueil du campus — qui avoisine actuellement les 30 000 étudiants — diverses modifications ont été apportées à l’ensemble des bâtiments.

Au sein du Palais de l’Université Jean Moulin, l’un des quatre quadrilatères, l’agence entreprend une large rénovation des espaces, construit un accès aux étages pour les personnes à mobilité réduite, créé des salles de travail et de formation équipées d’écrans, aménage des espaces privatisés pour les doctorants et les enseignants, ainsi qu’un étage complet pour la bibliothèque.

Côté salles d’enseignement, les combles ont été transformés en salles de classe et les amphithéâtres ont subi des améliorations fonctionnelles. On relève, par exemple, l'ajout d'un accès aux fauteuils roulant, ainsi que du matériel technique tels que des écrans permettant la captation vidéo. 

Dans un souci de diminution de la consommation énergétique et de rénovation thermique de l’ensemble, les bâtiments du campus Charles Mérieux ont été équipés de sas d’entrée et les fenêtres ont également été changées. Par ailleurs, les menuiseries extérieures et les toitures ont été refaites, les combles isolés et des protections solaires ajoutées au sein de la majorité des bâtiments du site.